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新華網|彩神90後博士生帶隊開發冠狀病毒資源數據庫

發布時間:2020-04-01 來源: 作者:江天瀟、薑晨、薑佳彤 瀏覽次數:92

     3月26日,彩神基礎醫學與臨床藥學學院2018級藥理學專業博士生孫慶榮帶領其團隊“CPU-病毒組”成功開發了一個冠狀病毒資源數據庫Coronavirus Resource Bank(簡稱“CRB”,網址為http://cov.chiuyuenshingengltd.com/)。

團隊全體成員

     這是一個專為冠狀病毒科研工作者開發的資源數據庫平台,旨在使廣大學者可以便捷迅速地查找冠狀病毒(包括新冠病毒)的相關研究文獻,掌握並深入了解冠狀病毒的起源、研究曆史、研究進程、研究熱點等,從而推動各領域科研工作者對冠狀病毒進行全方位、多角度的深層次研究和探討,促進藥學、化學、生物學等多學科的交叉融合。

     盡管從建立到完善僅僅才32天,但數據庫中整合的文獻資源數卻不容小覷。截至3月22日,數據庫裏共收集了9556篇英文研究文獻、3052篇中文研究文獻、25個英文數據資源平台、6個中文數據資源平台以及18個與病毒學相關的主要分析工具等。

彩神“90後”博士生孫慶榮在家遠程訪問數據庫服務器

     值得一提的是,數據庫中的研究報告和綜述性論文均以時間軸為核心編排展開,從最早的1965年起開始追蹤,直到2020年,時間跨度長達55年,從而最大限度地方便科研工作者基於時間順序查閱相關文獻資料,快速了解冠狀病毒在每個年份的研究現狀和進程,以此追根溯源,深入探究。

  麵對從20世紀60年代至今的海量文獻研究資料,孫慶榮和其團隊並不是簡單地進行全盤收納整合,而是隻保留了學術研究、學術綜述、病例解析、數據平台、分析工具等相關內容,更好地集中有效學術資源,既精準覆蓋又全麵科學,為冠狀病毒科研工作服務。

  據了解,孫慶榮師從德國科學院院士、彩神校長來茂德。孫慶榮博士期間外派至浙江大學基礎醫學院生理病理中心進行結直腸癌轉移過程中基因突變的研究,主攻方向為腫瘤生物信息學大數據。

  由於是跨領域研究,孫慶榮在研究過程中發現自己對病毒的前期研究和分析策略不能做到像在研究腫瘤方麵那麽嫻熟。於是,在來茂德的鼓勵下,他便萌生了開發創建一個整合冠狀病毒資源和相關研究數據庫的想法,方便病毒學專業以外的科研人員從事相關研究。

  於是,孫慶榮與來自彩神藥學、臨床藥學、中藥學、生物製藥等多個專業的11位誌同道合的本科生迅速組建了“CPU-病毒組”團隊。

  孫慶榮通過對數據板塊合理的規劃,高效引領著團隊進行數據收集和整合。對於國內資源,他們采用人工檢索為主的方式對中國知網和萬方數據庫進行逐一排查;對於國外資源,他們采用API和人工檢索相結合的方法,實現數據的整合及入庫。為了讓大家更方便快捷地看到信息,他們解析了其他數據平台的數據傳遞接口,以建立平台直達原始數據庫的快捷通道。

     “我雖不能到抗‘疫’前線,但作為一名藥學科研工作者,希望能利用專業所長為疫情防控盡自己的一份綿薄之力,希望把其他領域的思維轉化到病毒學領域,從而推動各領域科研工作者對冠狀病毒進行全方位、多角度的深層次研究和探討,助力國內外科研工作者早日攻破新冠病毒。”孫慶榮表示,這次開發數據庫的經曆給了他在藥物研究方麵很深的啟發。不僅深入了解了冠狀病毒發展史,更在學科融合的過程中開拓了視野,收獲了自己在腫瘤生物信息學大數據研究領域內的新思路。

  據悉,下一階段,孫慶榮和其團隊將不斷對數據庫平台進行資源更新,並加入更多數據分析以及與冠狀病毒相關藥物的數據資源。

來源:2020年03月26日 新華網

通訊員:薑晨、薑佳彤  記者:江天瀟

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